Противоречие в том, что Вы не понимаете, где причина, а где следствие. Выбранная емкость соответствует назначению фильтра, его выходной мощности и номиналам примененных индуктивных элементов. Если конфигурация фильтра изменится, будет другая выходная мощность, другие индуктивные элементы, то выходная емкость тоже изменится. Вывод: я не считаю, что в фильтре должна быть емкость 5 мкФ, в фильтре должна быть такая емкость, которая соответствует его назначению и конфигурации согласно заданной схемотехники.