Вот, собрали информацию в кучку, начал немного соображать 
нужно поменять Sysboot[4:0]. Это ноги LCD_DATA0 - LCD_DATA4. У нас сейчас по этим ногам передается, как я понял, 11100b, то есть сначала грузится ММС1, потом ММС0, а нужно заменить на 11000b, чтобы грузилось именно с MMC0. Мы уже близко к разгадке. То есть разница должна быть, действительно в однои ноге LCD_DATA2. Это если ориентироваться по табличке, которую нашел @hackand87
Вот, что нашел насчет резисторов: As shipped, the Black will attempt to access the eMMC card as the first boot device, so if you cannot tolerate ANY transitions on the eMMC lines, you need to modify the boot configuration. By moving one resistor (R68 to R93), you can pull SYS_BOOT2 low (same as pressing the uSD boot button) and the 'Black will not try to communicate with the on-board eMMC card. It WILL , however, attempt to boot via SPI and twiddle pins on P9.
Действительно, на BeagleBone Black полноценном есть R68 и нет R93, а на урезанном Antminer есть оба таких резистора. Сделал эксперимент, удалил R68, не помогло Что и требовалось доказать. Надо понять для начала, отличается ли выводы AM3352B и AM3358B
Ну или не мучиться и закоротить S2 кнопку